那不勒斯足球俱乐部（Societa Sportiva Calcio Napoli）成立于1904年，最初建立俱乐部时的名称是那不勒斯足球与板球俱乐部（Naples Foot-Ball & Cricket Club）。1904年一个英国的水手威廉·珀斯和他的伙伴海克特·M·拜永加上包括之后成为俱乐部首任主席的阿梅德奥·萨尔西几位那不勒斯人一起创建了这家俱乐部。最初球队的球衣颜色是天蓝色和海军蓝两色的剑条衫，而球裤颜色是黑色，1906年俱乐部改名为那不勒斯足球俱乐部。
　　1986年马拉多纳加盟那不勒斯创立了俱乐部历史上最辉煌的时代，那不勒斯在当时签下马拉多纳打破了世界足坛的转会费的记录，在1986年6月30日他们以1200万美元从巴塞罗那带走了阿根廷球王。球队的阵容也作出了重建，希罗·费拉拉、巴格尼以及德·那波利加入了新球队里。很快球队又回到了意甲排名的前列，85-86赛季球队拿到了联赛第三名的成绩，这已经是历史性的成就了，不过之后的86-87赛季那不勒斯的成绩更上一层楼，他们最终以领先第二名3分的成绩问鼎了意甲冠军，并且在意大利杯的决赛里4-0大胜亚特兰大队成就了双冠王。由于意大利本土（亚平宁半岛的所在的南方地区）从未赢得过意大利顶级联赛的冠军，所以从此之后马拉多纳成为了当地的一种文化象征，成为了那不勒斯整个地区的一个“符号”，对于那不勒斯人来说这种意义甚至超越了足球的意义。
　　2004年俱乐部宣布破产，降至意大利丙级联赛。2006-2007赛季，那不勒斯足球俱乐部征战意乙，最后以第2名的成绩，重返来届意甲联赛。2007-08赛季火速取得欧洲联盟杯资格。2009年3月11日，在球队9轮不胜的情况下，俱乐部解除了与雷贾的教练合同，随后任命前意大利国家队主教练多纳多尼接管球队，双方签约至2011年。但是，2009-10赛季开局不佳导致多纳多尼在09年10月6日被俱乐部解雇，前桑普多利亚主帅马扎里被任命为“蓝塔”新任主教练。